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400G を indexing したいのですがアドバイスおねがいします。

和歌山大学の壷井と申します。
データサイズが全部で４００Gあり、ファイル数が5000万ほどあります。
これをindexingをしようと考えていますが
perlにメモリが大量に使われ、無理っぽいかなっとおもってます。
あと、時間が大幅にかかってしまいそうなので
よりはやくindexingをする方法があればご教授願いたいと思います。
参考になるようPCのスペックを書いておきます。

PentiumIII-1000MHzx2 
SDRAM-2048Mbyte 
IDE-HDD-80Gx12

よろしくおねがいします。