[sary] 64bit版saryを作られた人いませんか?

Toru Suzuki shotora @ gmail.com
2008年 9月 21日 (日) 22:57:42 JST


はじめまして、鈴木と申します。

バイオインフォマティクスの分野でsaryを使わせていただいております。

saryのFAQには「検索対象、Suffix Array のファイルともに 2GB までしか扱えません。
将来的には 64 bit に拡張するかもしれません。」とありますが、2GB超のファイルを
扱えるように、64bit版に改造された人いませんでしょうか?

Assertだけ抑制して、makeしたのですが、入力ファイルを6GBにしてmksaryすると
当然のごとくabortしてしまいました。

$ make 'CFLAGS+="-DG_DISABLE_ASSERT"'
$ make install
$ mksary -b -t4 T00_read_data.txt

index:  100% |ooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo| Time: 00:14:518

GLib-ERROR **: gmem.c:140: failed to allocate 18446744073709519552 bytes
aborting...
アボートしました

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鈴木 徹


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